The Bencao (Herbal) Database（本草数据库）

  1. OmicsAtlas
  2. TranscriptomeAtlas
  3. sRNA Atlas
  4. F10027
  5. B54600507

Accession: B54600507

Entry

ID: -
Alias: F10027.X001087.A11
Sequence: GGUUUUGUAGUGUAGCGGUUAUCACUCCGGAUU
Description: tRNA tRNA
Species: 侧柏  Species latin name: Platycladus orientalis
TCM Names: Cebaiye(侧柏叶) Baiziren(柏子仁)
TCM Resource (Sample number): 侧柏叶(1) 柏子仁(1)
Evidence support:
Experimental status: Not yet
Database: sRNA Atlas

Homologs

miRBase Homologs

None

Bencao Homologs

B00416854; B00945677; B03823677; B04061610; B05429826; B05668004; B06065946; B07490622; B07889587; B08380864; B09196814; B09838795; B12976369; B13410282; B13971083; B14342231; B14652360; B15063338; B17153724; B19000139; B20708959; B21639623; B22337722; B23050509; B23473566; B24262515; B24659985; B24949940; B28690931; B28890163; B29325446; B29750830; B30019511; B30232497; B30655486; B30965945; B31579983; B33234191; B33762421; B34275466; B35092699; B35540565; B36193844; B36909617; B38037066; B38880413; B39881790; B40742495; B41402950; B41980245; B43205956; B45571990; B46965192; B47499421; B48068373; B48837999; B49619918; B49809595; B50234509; B50643909; B51600013; B51900435; B52172327; B52841197; B53594420; B54134950; B54600507; B55129003; B55393911; B55605922; B55963838; B56468428; B56807126; B57291140; B57692458; B58535723; B60588424; B61581943; B62315362; B64229150; B64671677; B66026633; B66474324; B68048820; B69176306; B69496363; B72121172; B72726965; B73623331;

Rfam Alignments

>> tRNA  tRNA
 rank     E-value  score  bias mdl mdl from   mdl to       seq from      seq to       acc trunc   gc
 ----   --------- ------ ----- --- -------- --------    ----------- -----------      ---- ----- ----
  (1) ?     0.074   16.1   0.0  cm        1       32 [~           1          33 + [~ 0.99    3' 0.45
                        ???????     v        v    ?????         NC
                        (((((((,,<<<<______._>>>>,<<<<<__~~~~~~ CS
                tRNA  1 GgagauaUAGCucAgUGGU.AgaGCgucgGaCU*[39]> 71
                        GG   U UAG:: AG GGU A ::C  CGGA+U
  F10027.X001087.A11  1 GGUUUUGUAGUGUAGCGGUuAUCACUCCGGAUU*[ 0]> 33
                        ****************9999*************...... PP

Targets

Predicted by TargetFinder


Predicted by TAPIR